清宣统三年(1911)，由世界基督教大会推举的高等教育委员会会长
民国五年(1916)二月，该校于福州仓前山租旧俄商茶行正式开课，将福州的英华、格致、三一及闽南的英华、寻源五书院的高年级学生为一年级学生，总数有81人，但不招收女生。老师专任者5人，兼任者4人。民国六年(1917)美国纽约州立大学，承认协大是一所合格大学，并且参照美国大学毕业生的管理办法，承认其毕业生同样可取得学士学位。翌年，美国罗氏基金董事会鉴于协大办学渐具规模，乃逐年指定一笔巨款，拨作添聘教授和购置设备之用。民国八年(1919)一月，罗氏基金社拨助该校科学馆的建筑设备及常年维持费，并设科学讲座六名。庄校长之兄嫂亦捐建文学院一座，及逐年图书购置经费。民国十一年(1922)学校择定福州魁岐乡为校址，于鼓山之麓，闽江之滨，建筑新校舍，大小数十座饶有东方古典风味的精致建筑峙立江东，背倚鼓山，面俯闽江之流，远山凝翠，江帆如画，不愧为一所实施大学教育的好学府。
民国十二年(1923)，庄伟才校长积劳病逝，由高智(John Gowdy))继任。民国十四年(1925)，文学院、科学馆及大小30座校舍先后落成，为纪念庄校长即以科学馆命名Edwin C. Jones Memorial Science Hall。
民国十六年(1927)，校董事会改组、高校长辞职回美，校务收回国人自办，由校友林景润继任校长，并遵照国民政府颁布的私立大学规程报请立案，民国十七年(1928)得何氏中国文化研究基金会的津助，扩充文学院各学系。民国二十年(1931)国民政府教育部因协大只有文、理两科，不符合大学至少要有3个学院的规定，遂准以"私立福建协和学?quot;立案。民国二十三年(1934)女生宿舍竣工，始兼收女姓。民国二十五年(1936)得福建省政府补助，添设农学与农业经济两个学系，开办农业试验场，民国二十六(1937)并在邵武设立闽北农林试验场，作为发展农科学系的准备。这时该校文学院共分文史、西哲、教育3学系；理学院共分生物、化学、医预、数理4学系。
抗战开始，福州地处沿海，深受日寇威胁，协大就在民国二十七年(1938)五月迁到闽北山城邵武。在邵武除借用汉美及乐德两中学旧址的楼房数十余座外，又新建才伟楼和高智楼，作为男生宿舍和图书馆。当时群山环抱中的邵武，便成为战时的文化城，两个中学的旧址，校舍矗立，绿树如盖，环境之幽静、宽敞，于战时可称首屈一指。最难得的是该校重要的图书，几已全部运到了邵武，在战时能够储备这样完整丰足的图书，的确是十分的可贵的。邵武校舍分为东、北门两部，相距约2华里，文学院、农科及总办公厅设在东门，理学院设在北门。当时校舍有楼房30余座，大半是借用原有房屋，一部分系新建，林场占地1000余亩，遍植马尾松。农场150亩，附设仓库加工场、水碓及制茶试验所。园艺场135亩，蕃殖各种果树苗木，达20余万株，花卉2000余盆，校内并自备电厂及印刷所。
民国二十九年春(1940)，教育部令农学系扩充为农艺学系及园艺学系，加上原有的农业经济学系成立农科。同时将文史系分为中国文学系和历史系，数理系改为物理系。 民国三十一年(1942)四月教育部批准将"私立福建协和学院"改称"私立福建协和大学"，文、理、农三科改称文、理、农三学院。并颁发新校印。于同年10月16日启用。学校办学宗旨，据董事会章程(1929年2月经教育部立案)规定，是以"博爱、牺牲、服务精神，研究高深学术，养成高尚健全人格，适应社会需求"为宗旨。因而"博爱、牺牲、服务"亦定为协大校训。
民国三十三年(1944)十月，福州第二次沦陷，魁岐乡校舍遭日军洗劫，留在校内的仪器、设备，无一幸存，连门窗地板也被拆毁，树木被砍伐三分之二；文学院于民国三十三年(1944)十月被纵火焚烧，屋顶及非水泥部分全毁，膳厅、游艺厅及职员住宅，亦壁穿梯折，仅存外壳，总计校舍被毁损失达30余万美元。其中以沙氏考古馆的损失最为惨重，馆中所存古物3600余件，包括夏、商、周以来的磁器、铜器、陶器、石斧等，是
民国三十四年(1945)五月，日军撤离福州，八月宣告投降。抗战胜利了，协大于十一月筹备复员，迁回福州。民国三十五年(1946)夏，文学院及其他各部房舍先后修建完成，并添建临时校舍如大礼堂、农学院办公厅及教职员住宅等计共5座，五月一日宣告复课。经过数月艰巨的工程重整之后，高山苍苍，流水泱泱，始重闻昔日的弦歌了。九月二日林景润校长休假赴美，十月二十日陈锡恩代校长及教师多人由美抵校。
民国三十六年(1947)一月六日林校长积劳成疾，卒于纽约。三月校董会聘
学校的行政组织：校长由校董事会推选，下设校长室，校长室下分学制组织，管辖3个学院。并设教务、训导、总务3处，秘书及会议2室。
此时，学校文、理、农3学院的学系设置是：文学院设中文、历史、外语、教育四学系；理学院设物理、化学、生物三学系；农学院设农艺、园艺、农业经济、农业教育四学系(民国三十二年文学院教育系被取消后转办此系，民国三十七年又停办此系，复办文学院教育系)。在理学院生物系和化学系中，设有医学预科(简称"生物医预"和"化学医预")，专为北京协和医院和山东齐鲁医学院培训医大前四年基础课。学士学位要修满136学分。
协和大学三个学院的成就，各有所殊，文学院中的文史系，后分为中国文学系和历史系，出版《福建文化》、《协大艺文》等定期刊物。福建的国学，晚清以来，素具渊源。西洋哲学系，后来改为外文系，教授几乎都属于外国籍，某一时期阵容之强，为他校所不及。历届毕业生，或在东南亚一带奠下了事业，或在全国各地工作，都不乏杰出人才。教育系，在福建是师资储备之所，全省执掌学校行政者，不少出于此系，校中又附设社会教育推行委员会，深入农村，为农民辅导教育。该系毕业的，有一批无名英雄，视教育为终身事业，尽瘁于桑梓以终老。
理学院，设备最称完善，如生物学系，实验室中每人便有显微镜一架，该系著作较多，其中若干著作已刊入商务印书馆的大学丛书，其他如单行本，或定期的刊物，都不乏出版。化学系的药品与实验器材之丰，为东南诸大学屈指可数者，无论那一种的实验，该系都可应付裕如。物理系，则自备发电厂和修理厂，包括锯木及一切机械的修理。化物两系，平时也在刊物出版。 农学院，曾在邵武附设高级农校，训练农业人才。农经、农艺、园艺、与农教四学系的研究风气，也不在文理学院之后，东南各报副刊，时常为该院各系专辟旬刊或半月刊，刊载各种专题文章，作者中不少是各系学生，也不乏教授的作品。除农艺系附设农业试验场外，园艺系也设有园艺试验场，并有加工的产品外售。此外，每个系都办有一种或数种不同名称、不同内容的定期刊物。 福建协和大学是人才荟萃之所，有一批著名专家、学者、教授先后在这里任教。如著名文学家、文论家、教育家叶圣陶、郭绍虞，名儒陈宝琛入室弟子陈易园，严复的哲嗣、著名教授严叔夏，著名专古学家、甲骨文专家董作宾，著名历史学家傅家麟，著名黄麻遗传学者卢浩然，著名动物学家、两栖爬行动物国际委员会委员丁汉波，著名微生物学家、"庆大霉素"发明者王岳，著名昆虫学家、博士生导师赵修复，以及著名学者陈文渊、陈锡恩、陈兴
福建协和大学英文名为"福建基督教大学"，但由于中国共产党的影响，宗教教育趋于淡化，师生思想逐渐进步。民国十六年(1927)一月，中共福州地委直接领导的进步团体"福建涤社"出版了《收回教育权专号》，该校教授陈锡襄就主持筹备召开"福州各界反抗文化侵略大会"。二十六年(1937)十月，协大百余名师生举行抗日救亡大会。本世纪30年代初，该校学生中就有共产党员组织读书会，进行革命活动。三十五年(1946)十一月，中共协大支部在学校驻地魁岐乡举办民众夜校，吸收100多名青年参加学习，并培养一批进步青年加入中国共产党。到本世纪40年代中期以后，该校已有3个共产党支部，党员学生数十人。历来福州各校师生发动的爱国民主运动，该校都是主力之一。
1947年5月16日，协和大学学生自治会在我地下党组织领导下，经过周密的策划，发动全校绝大部分学生计600余人，冲破国民党的威胁与重重阻挠，组织福州市有史以来人数最多、声势浩大的"三反"("反饥饿、反内战、反迫害")大游行，散发《告福州市民书》。队伍浩浩荡荡地沿着市区台江、小桥、洋头口，穿过南门兜，一路直达鼓楼的国民党省政府，向当局递交《请愿书》。沿途群情激奋，受到了广大市民的欢迎，有的纷纷加入游行队伍，此举也得到了福州各大专院校学生的声援和支持。
学校员生人数：1947年第一学期有教员63人，职员51人，学生587人，其中女生100人。
图书设备：计有中文76，913册；西文25，505册；又中文杂志17，843册；西文杂志15，605册，总共合计135，857册。
1951年1月，中央教育部决定接办协和大学和华南女子文理学院，将两校合并成立福州大学。两校合并暨福州大学成立典礼，于1951年4月12日在福州魁岐原协大举行。新成立的福州大学领导机构为校务委员会，由许彧青任主任，严叔夏、王世静任副主任。
协和大学办学35年，共培养毕业生1300多人。
