1939年4月，福建省研究所成立，附设在厦门大学抗战期间的迁校地长汀校内办公，汇聚了一批很有学术建树的专门人才。1940年11月，福建省政府令福建省研究所改名为福建省研究院。1945年，抗战胜利后福建省研究院迁址福州。
国民党统治时期，中央研究院在各省均不设立分支机构，福建省研究院可谓独树一帜。在福建省研究院创立和发展的仅十年历史中，前半段处于抗战烽火之中，后半段处在解放战争时期国民党反动统治之下。
在福建省研究院工作过的萨本栋、王亚南、汪德耀、傅鹰、林镕、郑作新、黄震、朱洗、唐仲璋、何景、章振乾、傅家麟等著名科学家和学者，以及共产党员杨潮烈士等，为祖国的科学文化进步做出了很大贡献，体现了我国知识分子爱祖国、爱人民的可贵品质。
1950年初，福建省研究院社会科学研究所归属厦门大学。1951年，福建省研究院教育心理研究室独立改为新教育研究所，动植物研究所和工业研究所合并为自然科学研究所，归属由私立福建协和大学与私立华南女子文理学院合并成立的福州大学。1952年，自然科学研究所撤销，所属大部分人员转入福州大学生物系与化学系。
1953年9月，福州大学更名福建师范学院。
1972年，福建师范学院更名福建师范大学。
